槟城美以美女子中学卷入“颁奖礼有基督祈祷”的指控后，教育部也接踵给该校发出警告。不过，社运分子史丹利却批评教育部，罔顾宗教自由。

史丹利（K Sudhagaran Stanley）接受《当今大马》访问时说，教育部应谨慎处理此类问题，避免为极端分子及穆斯林狂热组织所利用，达成他们的议程。